Miljøtilsynet er en kontrol af at virksomheden har de fornødne tilladelser og godkendelser og at virksomheden overholder disse og øvrig lovgivning på miljøbeskyttelsesområdet. I praksis består miljøtilsynet af:
- en rundvisning på virksomheden med fokus på potentielle miljømæssige problemer,
- en kontrol af at virksomheden drives i overensstemmelse med vilkår i eventuelle tilladelser og godkendelser og lovgivningen i øvrigt,
- en kontrol af at virksomheden ligger inde med lovpligtig dokumentation som vedrører virksomhedens miljøforhold, og
- en drøftelse af muligheder for at gøre en ekstra indsats, herunder miljøstyring og renere teknologi.
Miljøtilsynet skal tilpasses den enkelte virksomhed. Ved at sammenholde hvor godt en virksomhed har styr på sine miljøforhold og kan dokumentere sin indsats, med hvor mange lovovertrædelser virksomheden har, skal virksomheden kategoriseres inden for følgende 3 niveauer:
- Niveau 1 omfatter virksomheder som ved stor egenindsats har bragt sig på forkant i miljøarbejdet
- Niveau 2 omfatter virksomheder som er lovlydige, men ikke har gennemført en særlig indsats inden for miljøområdet
- Niveau 3 omfatter virksomheder som har problemer med at overholde miljølovgivningen
På baggrund af en kategorisering i en af ovennævnte kategorier fastsættes tilsynsfrekvensen, med vægt på at niveau 3 virksomheder besøges oftere end niveau 1 virksomheder.